西二旗站是北京地铁13号线和北京地铁昌平线的换乘车站。位于北京市海淀区上地科技园区信息路东北面，在13号线上的编号是1306。原13号线上的西二旗站于2002年9月28日13号线西段线路开通时投入使用，在现址南侧，在2010年12月25日，为了配合昌平线开通，西二旗站移往北侧新址，以进行换乘，而老站将作为商铺。昌平线部分于2010年12月30日随昌平线一期开通投入使用。
停用近10年后，地铁西二旗站老站房从2020年08月25日开始拆除 。
该站位于上地科技园区信息路东北面，西临上地东路以及高架的G7京新高速公路，东临京包铁路。昌平线与13号线与京新高速公路、京包铁路平行，呈西北-东南走向布置。
原有西二旗站由于设计规模过小，无法满足与昌平线换乘需求，同时对既有站进行改造的风险较大，因此配合昌平线建设，在老站北侧增建了新站。新站与老站相距38.7米。
西二旗站外形顶部用的膜结构覆盖，外立面采用PTFE索膜结构，模仿手风琴状起伏褶皱的外观效果。
昌平线一期工程完工后，路轨暂时到西二旗站为止，未来将继续向南延伸。为了给昌平线南延提供空间，西二旗老站将被拆除。
西二旗站西南侧新设有P+R停车场，占地面积7400平方米，可停放191辆车。
开往西直门：5:10-23:17
开往东直门：5:52-22:58（全程）-0:01（终点站霍营站）
开往昌平西山口：5:50-23:05
专85路（地铁西二旗站-地铁上地站）、专82路（地铁西二旗站-地铁西二旗站）、333路（安宁庄东路南口-西苑）、362路（西直门-地铁西二旗站）、367路（天鑫家园-软件园广场）、509路（中央党校北门-地铁西二旗站）、521路（生命科学园西站-地铁上地站）、544路（环保科技园-地铁西二旗站）、570路（永丰公交场站-地铁西二旗站）、636路（回南家园-西苑枢纽站）、320路（地铁西二旗站-北京西站）、902路（地铁西二旗站-苏家坨公交场站）963路（地铁西二旗站-龙泉驾校/龙域北街西口-地铁西二旗站）、932路（史各庄-城子）、644路（地铁生命科学园站西-张仪村南站）
000科学园通勤班车（地铁西二旗站-生命科学园西站）快速直达专线21路（龙域北街东口-龙域北街东口）快速直达专线39路（温泉-地铁西二旗站）快速直达专线80路（永丰公交场站-地铁西二旗站）快速直达专线98路（地铁西二旗站-苏家坨公交场站）软件园二期通勤班车（地铁西二旗站-地铁西二旗站）软件园一二期通勤班车（地铁西二旗站-地铁西二旗站）
下行
线路
上行
开往西直门
下一站：清河站
13号线
开往东直门
下一站：龙泽站
距离3623米
开往西二旗
终点站
昌平线
开往昌平西山口
下一站：生命科学园站
距离5440米